Tra lo sperone roccioso della Punta di San Teodoro ed il Capo Lilibeo, tra Marsala e Trapani, si estende la più grande laguna della Sicilia che comunica con il mare aperto attraverso le Bocche di Tramontana e di Ponente. 

     
La Laguna, un antichissimo pianoro alluvionale, colmato oggi per l'effetto del sollevamento delle acque marine, si fregia di 4 isolette; si tratta di un  ambiente di grande interesse ed effetto paesaggistico, ricco di una fauna ittica decisamente varia. Le isole, la più grande Isola Longa, la più piccola appena uno scoglio detto La Scuola, e la più famosa Motia, sono ricoperte da una fitta vegetazione che comprende rare associazioni di specie mediterranee. Sono ammantate da veri e propri boschetti le tre isole Isola Longa, Santa Maria e Mozia, sulle quali spiccano Pini d’Aleppo, Palme Nane ed Agavi, le quali giganteggiano nei sottoboschi, e alcune specie di orchidee che fiorendo, in primavera, incantano per la lussurreggiante e voluttuosa bellezza. Il Gladiolo comune o bizantino, numerosi tipi di giunco e alcune Salicornie, rivaleggiano in rarità e bellezza con la Calendula marittima, che in Europa fiorisce solo in questo ambiente e in qualche punto della  Spagna.Uccelli migratorii e stanziali di particolare interesse quali la Calandra, il Verzellino, il Cardellino, la Gaza, la Cappellaccia  sono visibili nelle laguna insieme ad esemplari meno comuni quali, tra le specie migratorie, le Garzette, le Mignattai, le Bigiarelle, i Pittime reali, gli Aironi e le Anatre selvatiche. 

La posidonia, unico esemplare di flora acquatica ad effettuare il processo di fotosintesi clorofilliana, trova nelle acque calde e poco profonde della laguna un territorio fertile per la sua crescita, e rappresenta l’habitat ideale per numerose specie di pesci anche pregiate. 

Mozia, unica isola dello Stagnone non privata,  è raggiungibile tramite un servizio di motobarche ed è visitabile tutti i giorni mentre le altre isole sono visitabili solo previa autorizzazione.